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走近craig venter创办的长寿公司,探秘科学怪人们的最新进展
文章来源:生物探索 作者:转发 发布时间:2017-06-08 10:57
  导读:“科学怪人”craig venter创办human longevity公司。human longevity有一个宏伟愿景:一年内对100,000个人的基因组进行测序,通过建立在基因组背景上的医疗模式将医疗运作朝着预防转变。
 
  在生物界素有“科学怪人”“坏小子”等称号的生物学家craig venter,是人类基因组测序先驱,他使用“散弹定序法”对人类基因组草图完成做出重大贡献。同时,venter也是一名企业家。他是塞雷拉基因组公司(celera genomics)的创办人与前任总裁,是克莱格•凡特研究所(j. craig venter institute,由tigr所建立)的主席。2005年,他与其它人合伙建立了合成基因组公司(synthetic genomics),专门以经过改造的微生物生产作为替代燃料的乙醇(酒精)与氢。
  2014年3月,craig venter创办human longevity公司,总部设立在圣地亚哥。human longevity有一个宏伟愿景:一年内对100,000个人的基因组进行测序,通过建立在基因组背景上的医疗模式将医疗运作朝着预防转变。venter表示,他的目标不一定是延长寿命,而是拓宽更健康、高效率的寿命。
  公司以8000万美元的初始资金开始运作,venter预计可以维持18个月。在里程碑前夕,bio•it world的编辑allison proffitt关于human longevity第一年的收成及数据库构建情况采访了hli公司的首席信息主管yaron turpaz。
  yaron turpaz,hli公司的首席信息主管。凭借在阿斯利康(astrazeneca)、礼来(eli lilly)丰富的信息研发经验加入hli。主要负责:构建和拓宽公司基因组和表观学数据库;领导生物信息学和软件工程的开发;扩大hli加州驻点的信息学项目;构建hli新加坡驻点的计算机和信息学项目硬件和软件系统。
  记者:作为首席信息官,你在hli的职权和责任重大,在你构想里human longevity有什么发展预期?
  yaron turpaz:我们正在尝试的目标是将医疗保健简易化。我们预计将医疗朝着预防转变。到那个时候,当你生病了,就不仅仅是传统意义上的看医生,而是借助基因组数据定义基准、评估风险和跟踪确切的早期峰值变化从预防的角度解读疾病。
  另外,我们做的很多工作都将被用于未知疾病的发现、生物标记物的发现、患者分级护理。我们工作的核心是建立成千上万的基因组数据库,并与大规模微生物组学和代谢组学结合。可能的话,数据库也期望与完整的人体核磁共振成像(mri)和其他化验关联。我们将尝试整合这些信息进行下游分析——通过精确的统计和多维数据赶超传统的信息学分析。
  记者:数据库构建的目的是什么?
  yaron turpaz: 我们创建了世界上最大的测序规模。目前,我们有能力每年以30x测序深度对40,000个全基因组进行测序。我们从illumina公司购得24台hiseq x10测序仪。这些设备最初的设想只是用于实验室,同步计算机和信息系统,以前所未有的规模和速度处理大量数据。大多数情况都基于云计算,所以我们尝试尽可能使用云服务器。
  基本上,测序仪提供数据,由emc isilon存储打包,上传至云服务器,用于下游的数据分析和实践。
  我们已经与genentech达成合作关系,且目前正在商讨与其他制药公司的合作。依据签署很多重要合同的需求,我们将扩大测序深度和仪器设备。 我们正在构建商业化的hli数据库,不同的公司都可以订购,以便提炼数据和寻求企业转型。
  记者:你提到预计整合人类基因组测序、微生物基因组测序、全身核磁共振成像这些数据用于下游分析,但是公司从哪里获得数据呢?
  yaron turpaz:当我们建立起大型的合作,我们保留对数据的权限,所以不是你提供样品,就能获得你的数据。只有当样品具备高质量的表型和临床数据,我们才会进行测序,测序结果会自动合并入hil数据库。这是数据库的主要来源。
  另外,我们通过与制药公司合作改变临床试验的标准,从而使得数据库能够匹配任何类型的临床试验。你可以想象,未来每一个临床病人都有一套完整的基因组数据。
  记者:craig venter曾说过,公司开始对人脸进行3d扫描,这种数据符合入库标准吗?
  yaron turpaz:我们招募了1000志愿者开始这个项目。对脸部信息收集,结合他们基因组数据和其他相关参数进行分析。这仅仅是个开始。今年,我们在圣地亚哥启动首个 hli“健康俱乐部”,作为对个人进行完整全基因组分析、全身mri和其他详细表型数据采集的开始。

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